Beantwortung meiner eigenen Frage!
Bei der Installation von MongoDB schien etwas Dummes passiert zu sein. Manuelle Neuinstallation von http://docs. mongodb.org/manual/tutorial/install-mongodb-on-os-x/ und dann schien die Wiederherstellung meiner gesicherten Datenbank den Zweck zu erfüllen.
Ich würde immer noch gerne aus Code-/technischer Sicht wissen, warum meine Umgebung plötzlich beschlossen hat, die 12-Byte-BSON-Objekt-ID anstelle der hexadezimalen Objekt-ID zurückzugeben ... aber bis dahin hilft hoffentlich eine einfache manuelle Neuinstallation anderen die auf dieses seltsame Problem stoßen!