Standardabfrageoperationen vergleichen die Werte eines Felds nicht mit einem anderen. Dazu müssen Sie die JavaScript-Auswertungsserverseite verwenden, die die beiden Feldwerte tatsächlich vergleichen kann:
Angenommen, beide Felder sind ISODate-Instanzen
BasicQuery query = new BasicQuery(
new BasicDBObject("$where", "this.creationTime.getTime() != this.lastModified.getTime()")
);