Sie können org.eclipse.ui.IWorkbenchPage.findView(String) verwenden um das IViewPart (die Instanz des beigetragenen Objekts, das diese Ansicht erstellt hat) zurückzugeben. Von dort aus müssten Sie die Klasse und Interna kennen und Zugriff darauf haben, um ihr Tree-Objekt zu erreichen:
IViewPart part = workbench.getActiveWorkbenchWindow().getActivePage()
.findView(MyView.ID);
if (part instanceof MyView) {
MyView view = (MyView) part;
// now access whatever internals you can get to
}