Sie können im Allgemeinen auch den mysql-Client auf dem Server selbst verwenden. Es ist tendenziell mein Favorit für importierte große DBs.
mysql -u user -p -h localhost dbname < import.sql
Oder in Ihrem Fall, um zur Eingabeaufforderung zu gelangen (wie das SQL-Fenster in phpmyadmin:
mysql -u user -p -h localhost dbname
