Es gibt einen Patch für phpMyAdmin, das eine konfigurierbare Protokollierung mit nur einigen einfachen Codeänderungen bietet.
Wir haben das bei meiner Arbeit gemacht und dann habe ich es weiter optimiert, um mich tagsüber bei Ordnern anzumelden, IP-Adressen und ein paar andere Dinge zu protokollieren, und es funktioniert großartig.
Danke @Unreason für den Link, ich konnte mich nicht erinnern, wo ich ihn gefunden habe.