Stellen Sie zunächst sicher, dass Sie eine Tabelle mit folgendem Namen haben:
select * from information_schema.tables where table_schema = 'MyDatabase' and table_name = 'user';
`user´ ist ein reserviertes Schlüsselwort, daher müssen Sie Ihren Tabellennamen mit Backticks zitieren.
UPDATE
MyDatabase.`user`
SET
MyDatabase.`user`.registeredAt = NOW()
WHERE
MyDatabase.`user`.id = 3;
Wenn Ihr Datenbankname auch in Anführungszeichen gesetzt werden muss, schließen Sie nicht sowohl den Datenbanknamen als auch den Tabellennamen ein.
Das ist falsch:
`databasename.tablename`
Das ist richtig:
`databasename`.`tablename`