MERGE ist im Allgemeinen schneller, da es weniger DML-Vorgänge gibt, und es ist auch der empfohlene Ansatz aus der Dokumentation. Bei der "traditionellen" Methode verarbeiten Sie die Tabellen zweimal - einmal, um das Vorhandensein zu überprüfen, und einmal, um Ihre DML auszuführen. Mit MERGE wird alles in einer Operation gekapselt – daher wird ein Satz Sperren erteilt, ein Satz Protokolle usw. usw.
Es ist jedoch ziemlich subjektiv, was Ihre Abfragen tatsächlich tun. Sie sollten sich wahrscheinlich Leistung von MERGE-Anweisungen optimieren auf MSDN.