Ich habe es gelöst, indem ich die folgenden Zeilen in App.config hinzugefügt habe:
<configuration>
<system.transactions>
<defaultSettings timeout="00:01:30" />
</system.transactions>
</configuration>
und das in Machine.config:
<configuration>
<system.transactions>
<machineSettings maxTimeout="00:01:30" />
</system.transactions>
</configuration>
Da dieser Vorgang sehr lange dauert, mehr als 10 Minuten, habe ich festgestellt, dass ich diesen Wert mit einem höheren überschreiben muss.