Wie führen Sie das SQL aus?
SQL selbst hat kein Timeout, daher ist das, was Sie als Problem beschreiben, nicht möglich.
Das Timeout wird immer auf der Verbindungsebene / Verbindungsanwendung behandelt. SQL Server freut sich über SQL-Aufrufe, die Stunden oder Tage dauern.
Wenn Sie also nicht etwas "Lustiges" / Ungewöhnliches tun, werden die Abfragen innerhalb des SP nicht ablaufen - die Verbindung, die die Prozedur aufruft, wird ablaufen und somit die Transaktion rückgängig machen.