Aus dem feinen Handbuch:
Es gibt zwei Möglichkeiten, eine Tabelle mithilfe von Informationen zu ändern, die in anderen Tabellen in der Datenbank enthalten sind:Verwenden von Unterauswahlen oder Angeben zusätzlicher Tabellen im FROM
Klausel.
Sie brauchen also nur eine FROM-Klausel:
WITH stops AS (
-- ...
)
UPDATE consistent.master
SET arrest_id = stops.stop
FROM stops -- <----------------------------- You missed this
WHERE citing_jurisdiction=1
AND stops.citation_id = consistent.master.citation_id;
Die Fehlermeldung sagt sogar so viel:
FEHLER:fehlender FROM-Klauseleintrag für Tabelle "stops"