Sieht so aus, als hätte ich die Antwort auf reddits /r/flask gefunden.
http://www.reddit.com/r/flask/comments /1glejl/alembic_autogenerate_column_changes/cale9o0
Fügen Sie einfach „compare_type=True“ zu den context.configure()-Parametern in der „run_migrations_online“-Funktion Ihrer env.py hinzu.
context.configure(
connection=connection,
target_metadata=target_metadata,
compare_type=True
)