Ich hatte genau das gleiche Problem mit einer Postgres-Datenbank und einer Django-App, die mit Docker-Compose ausgeführt wurde.
Es stellt sich heraus, dass das Dockerfile meiner App einen Einstiegspunkt verwendet hat, in dem der folgende Befehl ausgeführt wurde:python manage.py flush
wodurch alle Daten in der Datenbank gelöscht werden. Da dies bei jedem Start des App-Containers ausgeführt wird, werden alle Daten gelöscht. Es hatte nichts mit docker-compose zu tun.