TRUNCATE muss eine neue (leere) Datei für die Tabelle erstellen, was wahrscheinlich Ihr Problem verursacht. Sie können DROP die Tabelle und erstellen Sie sie neu.
Ein anderer, umständlicherer Weg wäre
DELETE FROM table_name;
VACUUM table_name; -- no FULL!
Während VACUUM verkleinert die Tabelle normalerweise nicht, sondern schneidet leere Seiten am Ende der Tabelle ab. Wenn die Tabelle leer ist, würde das alle Seiten entfernen.