Ich habe eine Idee von SQLAlchemy func.count in der booleschen Spalte
.having(func.count(case([(company_map.STATUS, 1)])) < func.count(company_map.C_ID))
Wenn Ihre SQLAlchemy die neueste Version ist, können Sie
verwenden.having(func.count(1).filter(company_map.STATUS))
das ist sauberer als das alte.