Mehrere Updates in MySQL

Ja, das ist möglich - Sie können INSERT ... ON DUPLICATE KEY UPDATE verwenden.

Anhand Ihres Beispiels:

INSERT INTO table (id,Col1,Col2) VALUES (1,1,1),(2,2,3),(3,9,3),(4,10,12)
ON DUPLICATE KEY UPDATE Col1=VALUES(Col1),Col2=VALUES(Col2);