Ich hatte eine ähnliche Situation, in der InnoDB nach einem MySQL-Server-Upgrade deaktiviert wurde. Die Abfrage "Engines anzeigen " hat Innodb nicht angezeigt . Folgen Sie diesem Link hat das Problem für mich behoben.
/etc/init.d/mysql stop
cd /var/lib/mysql/
ls ib_logfile*
mv ib_logfile0 ib_logfile0.bak
mv ib_logfile1 ib_logfile1.bak
/etc/init.d/mysql restart