Die Reihenfolge, in der die Ergebnisse zurückgegeben werden, wenn keine ORDER BY-Klausel vorhanden ist, hängt vom RDBM ab. Im Fall von MySQL oder zumindest den meisten Engines, wenn Sie die Reihenfolge nicht explizit angeben, wird sie aufsteigend sein, vom ältesten zu den neuen Einträgen. Wo sich die Zeile "physisch" befindet, spielt keine Rolle. Ich bin mir nicht sicher, ob alle MySQL-Engines so funktionieren. Das heißt, in PostgreSQL zeigt die "Standard"-Reihenfolge die zuletzt aktualisierten Zeilen zuerst. Auf diese Weise funktionieren möglicherweise auch einige der MySQL-Engines.
Wie auch immer, der Punkt ist - wenn Sie die Ergebnisse geordnet haben möchten - geben Sie immer die Sortierreihenfolge an, verlassen Sie sich nicht nur auf etwas Standard, das zu funktionieren scheint. In Ihrem Fall möchten Sie etwas Triviales - Sie möchten die Benutzer in absteigender Reihenfolge, also verwenden Sie einfach:
SELECT * FROM users ORDER BY id DESC
