Nein.
Die Erweiterungen MySQL und MySQLi sind „Treiber“, die sich um die Kommunikation kümmern zwischen PHP und dem MySQL-Datenbankserver;
sie nicht Ändern Sie den Bereich der SQL-Befehle, die der MySQL-Server versteht.
Solange sich also die DB-Abstraktionsschicht darum kümmert, welche PHP-Funktionen für welchen Zweck für Sie verwendet werden sollen (und das sollte ein Framework wie CI auf jeden Fall tun), müssen Sie sich bezüglich der eigentlichen Abfragen keine Sorgen machen.