Nach einigem Ausprobieren kam ich auf die folgende Abfrage, die das tut, was ich brauche. Grundsätzlich trenne ich Zahlen vom Ende der Zeichenfolge und entferne dann so viele Zeichen, bevor ich die nächste Zahl trenne. Die Spalte version1 ist auf positive 2-stellige Zahlen beschränkt, aber das ist eine Einschränkung, mit der ich in meinem Fall leben kann.
SELECT
IF(CAST(RIGHT(SUBSTRING_INDEX(LEFT(version,CHAR_LENGTH(version) - CHAR_LENGTH(SUBSTRING_INDEX(version, '.', -3)) - 1), '.', -1),2) AS DECIMAL) > 0,
CAST(RIGHT(SUBSTRING_INDEX(LEFT(version,CHAR_LENGTH(version) - CHAR_LENGTH(SUBSTRING_INDEX(version, '.', -3)) - 1), '.', -1),2) AS DECIMAL),
CAST(RIGHT(SUBSTRING_INDEX(LEFT(version,CHAR_LENGTH(version) - CHAR_LENGTH(SUBSTRING_INDEX(version, '.', -3)) - 1), '.', -1),1) AS DECIMAL)) AS version1,
SUBSTRING_INDEX(LEFT(version,CHAR_LENGTH(version) - CHAR_LENGTH(SUBSTRING_INDEX(version, '.', -2)) - 1), '.', -1) as version2,
SUBSTRING_INDEX(LEFT(version,CHAR_LENGTH(version) - CHAR_LENGTH(SUBSTRING_INDEX(version, '.', -1)) - 1), '.', -1) as version3,
SUBSTRING_INDEX(version, '.', -1) as version4
FROM Version
HAVING version1 >= 5
;