Hier ist eine gute Analyse dieser beiden Ansätze:SQL left join vs. mehrere Tabellen in der FROM-Zeile?
Diese Erklärung ist allgemein, ich bin mir nicht sicher, was MySQL in dieser Angelegenheit tut; aber so oder so ist der Punkt, dass ein JOIN immer expliziter und klarer ist und ohne größere Änderungen in der Abfragelogik von einer Engine zur anderen verschoben werden kann.