Sie können den SET-Teil von LOAD DATA INFILE verwenden und brauchen das 0x-Escape-Zeug nicht:
1, 1, 123456FF
2, 1, aabbcc
3, 1, ddeeff
Und dann weisen Sie die Spalte einer Variablen zu und setzen die Spalte dann auf die UNHEXed-Version dieser Variablen:
LOAD DATA INFILE 'file' INTO TABLE `table` (column1, column2, @var1)
SET column3 = UNHEX(@var1)