Jede Spalte mit einem Schlüssel (primär, fremd) benötigt einen Index. Dasselbe gilt, wenn die Spalte eindeutig ist. Sie haben wahrscheinlich zwei Indizes erstellt (einen beim Erstellen von FK und einen bei Unique-Constraint). Wenn dies der Fall ist, löschen Sie einfach einen dieser Indizes.
Es ist Overhead für die DB, zwei äquivalente Indizes zu unterhalten.