Der Fehler wird in der Warnmeldung sehr deutlich erklärt, er ignoriert Ihre my.cnf .
Versuchen Sie, Folgendes auszuführen, und starten Sie dann den Server neu
chown mysql:mysql /etc/mysql/my.cnf
chmod 600 /etc/mysql/my.cnf
Dadurch wird der Besitzer der Datei auf mysql gesetzt und die Berechtigungen 600 gibt nur den Benutzer mysql an Lese- und Schreibzugriff auf die Datei, wird allen anderen Benutzern der Zugriff verweigert.
