Ich stand vor dem gleichen Problem. Es stellt sich heraus, dass das System über die angegebene URL nicht auf die hibernate-configuration-3.0.dtd zugreifen kann.
<DOCTYPE hibernate-configuration PUBLIC
"-//Hibernate/Hibernate Configuration DTD 3.0//EN"
"http://www.hibernate.org/dtd/hibernate-configuration-3.0.dtd">
Also habe ich vom lokalen System aus darauf verwiesen.
<!DOCTYPE hibernate-configuration SYSTEM
"classpath://org/hibernate/hibernate-configuration-3.0.dtd">
Hat bei mir gut funktioniert. Hoffe es hilft!