Sie sollten die Aktualisierung einfach über einen Join wie diesen durchführen
UPDATE
t1 INNER JOIN t2 ON t1.variant_id = t2.variant_id
SET t1.product_code = t2.value
WHERE t2.key_id = 10
AND t2.value IS NOT NULL
In diesem Fall müssen Sie sich keine Gedanken über Nullen machen, da der innere Join nur Zeilen auswählt, in denen die variation_id in beiden Tabellen vorhanden ist.
