Sie können nicht zwei Datenbanken auf demselben TCP-Port hosten. Geben Sie stattdessen Ports für jede Datenbank in der durch Kommas getrennten Liste an:
-instances=project:region:db=tcp:3306,project:region:db-2=tcp:3307
Ich habe hier 3306 und 3307 verwendet, aber Sie können jeden beliebigen Port verwenden! Stellen Sie sicher, dass der Rest Ihrer Container Engine-Konfiguration die Kommunikation zwischen Knoten an diesen Ports zulässt (vielleicht stimmt das standardmäßig, ich verwende GKE nicht).
Die meisten MySQL-Treiber verbinden sich standardmäßig mit Port 3306, haben aber die Möglichkeit, einen anderen Port anzugeben. Sie müssen dafür sorgen, dass Ihr Code eine Verbindung zu dem anderen Port herstellt, den Sie für die zweite Datenbank auswählen.