Platzhalter können nur dort verwendet werden, wo ein Wert erscheinen kann, nicht eingebettet in Zeichenfolgen. Versuchen Sie:
$query = "SELECT * FROM `mytable` WHERE `file` REGEXP CONCAT('[', :val, '-9]')";
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$query = "SELECT * FROM `mytable` WHERE `file` REGEXP CONCAT('[', :val, '-9]')";