Sie müssen eine Unterabfrage verwenden, um die Gebührentabelle vor dem Join zu aggregieren:
SELECT sum(prijs) as SumOfPrijs, sum(amount) as SumOfFees, sum(prijs)+sum(amount) AS
Total, year(vertrekdatum) as year
FROM tbl_vluchtgegevens vg LEFT JOIN
(select f.gegevenId, sum(amount) as Amount
from tbl_fees f
group by f.gegevenId
) f
ON f.gegevenID = vg.gegevenID
WHERE vertrekdatum <=NOW()
GROUP by year(vertrekdatum);
Das Problem ist, dass die mehrfachen Gebühren bei "gegeven" dazu führen, dass der Join unerwartete Zeilen erzeugt, die sich auf die Summe auswirken.