Das sollte es sein
$stmt = $mydb->prepare("DELETE FROM messages WHERE from_user = ? AND id = ? ");
Und ich werde es zu schätzen wissen, wenn Sie mysqli_* verwenden Funktionen anstelle des veralteten mysql_*
Außerdem sollte kein * vorhanden sein für LÖSCHEN; das ist nicht die richtige Syntax.
Referenz:
Der * Syntax wird in Verbindung mit SELECT: