Wie bekomme ich den Wert aus der Javascript-Eingabeaufforderungsbox und übergebe ihn an die PHP-Variable, um in SQL speichern zu können?

Sie können Werte an versteckte Eingaben im Formular senden und absenden.

function MyReason(){
    var reason = prompt("Reason");
    document.getElementById("reason").value = reason;
    document.getElementById("form").submit();
}

<form id="form">
    <input type="hidden" id="reason" />
</form>