Als Referenz, falls jemand diesen Thread mit demselben Problem findet, habe ich mein Problem behoben.
Meine Flask App Factory-Funktion hatte die Zeile app.app_context().push() Überbleibsel aus den frühen Tagen, als es auf einem Flask-Tutorial basierte. Bei einer Umstrukturierung des Projektes wurde diese Zeile weggelassen und das Problem hat sich von selbst behoben. Nicht sicher, warum oder wie diese Zeile dieses Problem verursachen würde, und nur für einige, aber nicht alle Anfragen.
