Ihre derzeitige Technik scheint praktisch genug zu sein. Nur eine kleine Änderung.
Anstatt auf einen Fehler zu warten und dann eine Spalte nach der anderen zu erstellen, können Sie einfach das Schema exportieren, einen Diff durchführen und alle fehlenden Spalten in allen Tabellen herausfinden.
Auf diese Weise wäre es weniger Arbeit.
Ihre GUI wird in der Lage sein, nur Schemas zu exportieren, oder der folgende Schalter auf mysqldump wird nützlich sein, um alle fehlenden Spalten herauszufinden.
mysqldump --no-data -uuser -ppassword --database dbname1 > dbdump1.sql
mysqldump --no-data -uuser -ppassword --database dbname2 > dbdump2.sql
Durch den Vergleich von dbdump1.sql und dbdump2.sql erhalten Sie alle Unterschiede in beiden Datenbanken.