Ich stimme cgwyllie zu, dass Sie einen Webservice schreiben sollten, der als API für Ihre Datenbank mit Methoden fungiert, die JSON (oder XML) zurückgeben.
Die Webservice-Methoden können dann aus Ihrem PhoneGap-Projekt aufgerufen werden (ich würde empfehlen, einen Blick auf die jquery ajax api http://api.jquery.com/jQuery.ajax/ ).
Ich würde den Webservice einfach in PHP oder einer anderen Sprache schreiben, mit der Sie vertraut sind.