Nicht ganz sicher, aber erwägen Sie, die Bedingung von WHERE zu verschieben Bedingung für JOIN ON Bedingung, da Sie einen äußeren Join ausführen (LEFT JOIN ) unterscheidet sich die Leistung im Gegensatz zu inner join wobei die Bedingung auf where sein soll oder join on Klausel ist äquivalent.
SELECT COUNT(1) AS clicks
FROM clicks AS c
LEFT JOIN links AS l ON l.id = c.link_id
AND (c.date_added >= '2016-11-01 00:00:00'
AND c.date_added <= '2016-11-16 23:59:59');