Sie benötigen SHOP auf der LINKEN Seite, da die rechte Seite möglicherweise keine Daten enthält, in diesem Fall PRODUCT.
Darüber hinaus benötigen Sie die WHERE-Bedingung als LEFT-JOIN-ON-Bedingung, damit sie mit Produkten der Statusbedingung verknüpft wird und das Produkt nur rabattiert (während der Shop beibehalten wird), auch wenn der Status nicht erwünscht ist.
select s.name
, p.name
, count(p.id)
from Shop as s
left join Product as p on p.shop=s.id AND p.status <> '8796107276379'
group by
s.id, p.name
