Hier sind 3 Möglichkeiten:
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Die Daten gelangten gar nicht erst in die Datenbank. An anderer Stelle ist etwas passiert, sodass die Daten verschwunden sind. Möglicherweise zeitweilige Netzwerkprobleme, überlasteter Server, Anwendungsfehler.
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Eine Datenbanktransaktion wurde nicht festgeschrieben und wurde rückgängig gemacht. Vielleicht ist ein Fehler in Ihrem Anwendungscode, vielleicht haben einige ungültige Daten Dinge vermasselt, vielleicht ist eine Nebenläufigkeitsausnahme aufgetreten usw.
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Ein Fehler in mysql.
Ich würde mir zuerst 1. und 2. ansehen.