Das Problem liegt nicht in den unterschiedlichen Datenbanken.
Ihre WHERE-Klausel verweist auf das Feld database_1.table_1.data_1, das in der FROM-Klausel nicht angegeben wurde.
Meinten Sie nicht so etwas wie
SELECT *
FROM database_2.table_2
JOIN database_1.table_1
ON (database_2.table_2.some_field = database_1.table_1.some_other_field)
WHERE database_1.table_1.data_1 LIKE database_2.table_2.data_2
?
Außerdem
echo mysql_error();
nach Ihrer fehlgeschlagenen Abfrage - dies gibt Ihnen einen Hinweis darauf, was falsch ist.