Ich hatte das gleiche Problem. Ich habe es gelöst, indem ich die CHANGE COLUMN (oder MODIFY COLUMN) vor ADD COLUMN gemacht habe.
In Ihrem Beispiel würde dies die folgende SQL-Anweisung ergeben:
ALTER TABLE `logs`
CHANGE COLUMN `created` `created` DATETIME NULL DEFAULT NULL AFTER `category`,
ADD COLUMN `updated` DATETIME NULL DEFAULT NULL AFTER `created`;