Ich habe gerade eine Stunde mit demselben Problem verbracht; Du hast wahrscheinlich den gleichen Tippfehler gemacht wie ich.
Das Problem lag bei mir in der .yml
Schemadefinition. In dem Abschnitt, in dem ich die Beziehungen zwischen meinen Tabellen definiert habe, hatte ich diese Zielentität:
targetEntity: mlEmailNotif
statt
targetEntity: MlEmailNotif
Der Kleinbuchstabe 'm' bewirkt also, dass Doktrin einen neuen Alias für eine neue Tabelle erstellt (beim PHP-Vergleich wird zwischen Groß- und Kleinschreibung unterschieden).