wie mysql_fetch_array auf verknüpften Tabellen, aber Spalten haben denselben Namen

Deine Vermutung war richtig. Sie müssen einen ALIAS erstellen für die Spalten, damit Sie sie eindeutig abrufen können,

SELECT a.name Name1, b.name Name2
FROM tablea a 
JOIN tableb b ON a.id = b.id

dann kannst du jetzt anrufen

$row['Name1']