Ihre aktuelle Abfrage ist widersprüchlich, da eine einzelne Zeile niemals mit der WHERE-Klausel übereinstimmen kann. Ich nehme an, Sie wollen so etwas.
SELECT product_id
FROM table
WHERE (key='free_shipping' and value='yes') or (key='price' and value='5')
GROUP BY product_id
HAVING COUNT(DISTINCT key) = 2
