Sie müssen UNION
die beiden Tabellen:
SELECT reference, SUM(quantity) AS total_quantity
FROM (
SELECT reference, quantity
FROM table_1
UNION ALL
SELECT reference, quantity
FROM table_2) AS t
GROUP BY reference
Auf diese Weise erhalten Sie garantiert einen Eintrag für eine reference
Wert, auch wenn dieser nur in einer der beiden Tabellen enthalten ist.