Sie suchen nur nach einem Spaltennamen aus allen Spaltennamen in der gesamten MySQL-Instanz. Sie müssen auch nach Schema (=Datenbank) und Tabellennamen filtern:
IF EXISTS(SELECT * FROM INFORMATION_SCHEMA.COLUMNS WHERE COLUMN_NAME = N'CustomerVariable1Value' AND TABLE_NAME = 'MyTableName' AND TABLE_SCHEMA = 'MyDatabase')