Ich bin kürzlich auf ein ähnliches Problem mit MySQL in einem meiner Produktionssysteme gestoßen.
Wie ein Kommentator oben angemerkt hat, ist das Problem die Wildcard-Suche im Textfeld und insbesondere das führende % in der Suche.
Wir haben das führende % gesenkt und die Zeit, die für eine Suchanfrage benötigt wird, um mehrere Größenordnungen reduziert (von einem Server, der 60 Sekunden und mehr schleift, bis zu „überhaupt keine Zeit“).
Alternativen wären die Verwendung eines Volltextindexes oder eines Systems wie Lucene für die Suche.