Ihre Abfrage gibt nur 1 Zeile zurück, was weniger als 3500 ist.
Wenn Sie die Anzahl der zu zählenden Zeilen begrenzen möchten, müssen Sie dies in eine Unterabfrage einfügen.
SELECT COUNT(*)
FROM (
SELECT 1
FROM registrations
WHERE selectedtime IS NULL AND expirationtime < NOW()
LIMIT 3500) AS x