Ich schlage gerne das folgende Design vor (ähnlich wie Ihres):
Zunächst einmal haben wir drei Tabellen
USER -- UserId, other fields
COMPANY -- CompanyId, other fields
PHONE -- PhoneId, PhoneNumber
Dann haben Sie zwei Tabellen zum Speichern der Relation
COMPANY_PHONE -- CompanyId, PhoneId
USER_PHONE -- UserId, PhoneId
