Flask-MySQL verwendet MySQL-Python, das Python 3 nicht unterstützt, und es gab einen offenes Problem darüber für über ein Jahr. Verwenden Sie stattdessen Flask-MySQLdb, das MySQLclient verwendet.
pip install flask-mysqldb
Oder verwenden Sie SQLAlchemy, eine viel leistungsfähigere Schnittstelle für die Arbeit mit Datenbanken.
pip install flask-sqlalchemy mysqlclient