Meiner Meinung nach sind SQLite und Apache Derby (http://db.apache.org/derby/
) sind beide gut für einen solchen Plan. Vor einigen Jahren habe ich solche Sachen mit Derby gemacht und es läuft immer noch. Damals packte ich nur den Ordner, der die jre, das Programm, libs (jar's) und den Datenordner von Derby enthielt.
Wie ich mich erinnere:sqlite war sehr einfach zu bedienen, während derby mehr Overhead hat zu lernen.