Kopieren Sie Daten von einer Tabelle in eine andere mit bestimmten Bedingungen

Ihr LEFT JOIN mit der Bedingung consignment.id >id1 schafft fast ein katesianisches Produkt. Wahrscheinlich möchten Sie nur Zeilen mit einer höheren id einfügen aus der Quelltabelle als die höchste id1 in der Zieltabelle. Sie sollten ein SELECT MAX(id) verwenden stattdessen Unterabfrage:

SELECT [..]
FROM  `eamglo5_singaporelive`.`consignment` 
WHERE `eamglo5_singaporelive`.`consignment`.`processed`=1 
  and `eamglo5_singaporelive`.`consignment`.date_booked>'2018-07-17'
  and `eamglo5_singaporelive`.`consignment`.id > (
     SELECT MAX(id1) FROM eamglo5_billingsystem.`consignment`
  )