Klingt so, als ob Sie wahrscheinlich eine der Datenbanken als Slave für die andere fungieren möchten, damit alle Aktualisierungen des Masters automatisch an den Slave weitergegeben werden. Die MySQL-Dokumentation enthält ziemlich viele Details dazu.
Wenn Sie in der Lage sein wollten, Aktualisierungen an einer der beiden Datenbanken vorzunehmen und sie auf die andere zu replizieren, ist es meiner Meinung nach auch möglich, MySQL für die Verwendung der Multi-Master-Replikation zu konfigurieren.
